Sau khi cập nhật đầy đủ các kết luận thanh tra, kiểm toán và điều chỉnh phương án tài chính, dự án đã cơ bản hoàn thành nghĩa vụ hoàn vốn và lợi nhuận cho nhà đầu tư (NĐT); là căn cứ quan trọng để tiến hành dừng thu phí.
Cầu Rạch Miễu là một trong những dự án BOT đầu tiên trong lĩnh vực giao thông đường bộ tại Việt Nam. Dự án giai đoạn 1 đưa vào khai thác từ 2/4/2009, với thời gian thu phí theo hợp đồng là 13 năm 5 tháng (10 năm 5 tháng để hoàn vốn, 3 năm để tạo lợi nhuận cho NĐT).
Thực tế, quá trình thu phí diễn ra thuận lợi hơn dự kiến. Doanh thu từ dự án tăng mạnh nhờ lưu lượng phương tiện gia tăng, trong khi nhiều yếu tố chi phí được điều chỉnh giảm sau các kết luận thanh tra, kiểm toán; nên thời gian thu hồi vốn thực tế rút ngắn đáng kể.
Quá trình thực hiện dự án, các điều kiện cụ thể của hợp đồng thay đổi như: Giá trị quyết toán giảm 8%; chi phí quản lý, bảo trì tăng 58%; số thu phí thực tế từ 2009 - 2016 tăng 24%; doanh thu từ 2017 - 2019 tăng 119% so với hợp đồng gốc và tăng 28% so với phụ lục hợp đồng; ngân sách hỗ trợ dự án hơn 151 tỷ đồng. Thời gian thu phí hoàn vốn giai đoạn 1 giảm 10 năm so với hợp đồng gốc, tương đương 50% thời gian thu phí của dự án; giảm 3 năm so với phụ lục hợp đồng, tương đương 30% thời gian thu phí của dự án.
Về phương án tạo lợi nhuận cho NĐT, sau 11 phiên đàm phán, khoản lợi nhuận dành cho NĐT được xác định lại theo nguyên tắc "lợi nhuận kỳ vọng" quy đổi về thời gian thực tế.
Theo hợp đồng BOT ký năm 2003 và phụ lục hợp đồng năm 2016, NĐT được hưởng 3 năm thu phí tạo lợi nhuận sau khi kết thúc thời gian hoàn vốn. Theo phương pháp tính lợi nhuận kỳ vọng, sau khi cập nhật các yếu tố tài chính thực tế và loại bỏ những chi phí không phù hợp, thời gian thu phí tạo lợi nhuận chỉ còn 2 năm 4 tháng 2 ngày, từ 18/11/2016 - 22/3/2019, tương ứng lợi nhuận hơn 338 tỷ đồng, giảm theo thời gian tạo lợi nhuận theo hợp đồng là 7 tháng 29 ngày.
Một yếu tố khác tác động trực tiếp đến thời gian thu phí là việc cập nhật hơn 151 tỷ đồng ngân sách nhà nước hỗ trợ dự án trong giai đoạn đầu. Khoản vốn này được đưa vào cân đối dòng tiền thực tế, làm giảm phần vốn mà NĐT phải thu hồi thông qua trạm thu phí.
Một yếu tố khác là việc loại bỏ khoản "phí bảo toàn vốn" 4,8%/năm. Kiểm toán Nhà nước tại Văn bản 336/KTNN-TH năm 2017 xác định khoản chi phí này không có cơ sở pháp lý, kiến nghị loại khỏi phương án tài chính. Chỉ riêng việc bỏ khoản này đã làm giảm thời gian thu phí của dự án khoảng 1 năm 11 tháng.
Sau khi cập nhật phương án tài chính của dự án theo các nội dung nêu trên thì thời gian thu phí hoàn vốn của dự án dự kiến kết thúc vào cuối tháng 9/2026. Trường hợp các chỉ tiêu tài chính không thay đổi theo dự kiến tại phương án tài chính tính toán, Cục Đường bộ sẽ quyết định dừng thu phí vào cuối tháng 9/2026.
